Scientifique
21/01/2021

L’approche syndromique en situation d’urgence

Les syndromes infectieux peuvent présenter des signes cliniques qui ne sont pas toujours spécifiques d’un seul agent pathogène. Pour mieux les identifier, l’approche syndromique permet en un temps record d’identifier clairement le pathogène responsable de la pathologie et de faire ainsi gagner un temps précieux pour la prise en charge du patient.

Les signes cliniques révélant certains syndromes infectieux ne sont pas directement évocateurs de tel ou tel pathogène : fièvre, toux et maux de tête pour certaines affections respiratoires ou méningées, diarrhées et vomissements pour les syndromes gastro-intestinaux. Rien n’est plus difficile de dresser un diagnostic face à certains symptômes. Pourtant, dans certains cas, il peut être urgent d’identifier le plus rapidement possible le pathogène incriminé pour une meilleure prise en charge du patient. C’est notamment dans le cas des affections méningées, qui sont de pronostics différents en fonction des pathogènes responsables : selon le Docteur Jacquier « les méningites bactériennes nécessitent une antibiothérapie immédiate, tandis que les méningo-encéphalites à virus herpes simplex 1, gravissimes, requièrent un traitement antiviral précoce, à la différence des méningites à entérovirus, virus de la varicelle ou de l’herpes simplex 2 qui sont généralement bénignes ». Jusqu’à présent, l’arsenal à disposition des biologistes se composait de plusieurs techniques spécifiques de biologie, bactériologie et parasitologie qui pouvaient prendre plusieurs jours (mise en culture, biologie moléculaire, recherches d’antigènes) et compromettre la prise en charge précoce du patient. Ainsi, face à un ensemble de signes cliniques (fièvre, toux, maux de tête), les biologistes cherchaient à détecter la cause la plus probable en cherchant un agent pathogène donné, avec le délai d’attente des résultats et le risque de ne pas trouver le pathogène du premier coup, compromettant ainsi les chances de guérison du patient et l’éventuelle nécessité de refaire un ensemble de tests lorsque les premiers revenaient négatifs.

PCR multiplex

Désormais face à un syndrome clinique, les biologistes disposent de kits d’analyse rapide qui permettent d’effectuer un criblage complet parmi un ensemble de micro-organismes potentiellement incriminés dans les pathologies infectieuses. Cette technique – l’analyse syndromique – repose sur la réalisation d’une PCR multiplex (Multiplex polymerase chain reaction) qui permet de détecter en une seule fois dans un échantillon biologique un grand nombre de pathogènes possibles, via leur signature génétique. Cette PCR multiplex se fonde sur l’amplification de plusieurs cibles (segments d’ADN spécifiques de différents pathogène) via plusieurs amorces de PCR au sein du même tube réactionnel1 : ainsi, un seul prélèvement peut être utilisé pour chercher la présence d’un virus, d’une bactérie voire d’un parasite, uniquement en cherchant une séquence génétique qui lui est spécifique. Par exemple, pour les syndromes méningés, en un seul test, les virus HSV1, HSV2, entérovirus, VZV, CMV, mais aussi les bactéries E. coli, H. influenzae, L. monocytogenes, N. meningitidis, S. agalactiae, S. pneumoniae et le champignon Cryptococcus neoformans/gattii peuvent être recherchés à partir d’un seul prélèvement de faible volume. Les kits commercialisés sont généralement groupés par « panel », c’est-à-dire par type de pathologies, que le médecin aura circonscrit lors de l’examen clinique. Il existe ainsi des kits spécifiquement dédiés à la recherche de pathogènes pour les infections respiratoires hautes, d’autres pour les syndromes méningés, pour les infections respiratoires basses, les affections gastro-intestinales, etc. Il en existe même pour les pathologies ostéo-articulaires ou urinaires, explique le Docteur Jacquier. Se pose alors, pour le biologiste, la pertinence de mettre en place telle ou telle approche syndromique, en fonction du bénéfice immédiat en regard du coût de cet examen.

Avantages et inconvénients

Cette approche syndromique présente plusieurs avantages : comme un seul échantillon peut être étudié pour détecter plusieurs pathogènes, elle ne nécessite pas un gros volume de prélèvement, ce qui est pratique dans le cas des prélèvements méningés (liquide cérébro-spinal, LCS). Outre le fait d’être rapide à la réalisation (un seul tube et plusieurs réactions), elle permet aussi d’obtenir des résultats en un temps record – moins de deux heures2 – ce qui permet une prise en charge très précoce des patients. Dans le cas de syndromes méningés, il est très intéressant, pour l’urgentiste d’avoir une réponse très rapide pour savoir si le patient présente une forme bactérienne ou virale car de ce constat va dépendre la prise en charge (antibiothérapie, traitement de la fièvre, traitement antiviral). Elle permet également de réduire les antibiothérapies probabilistes puisqu’il n’est plus nécessaire d’attendre longuement les résultats et autorise les retours à domicile précoces. Bien que très précise et rapide, cette technique présente néanmoins un coût élevé à réserver à certains cas : la présentation clinique et quelques éléments d’orientation biologiques (par exemple, recherche microscopique de globules blancs dans le LCS) permettent de décider le déclenchement d’un test en PCR multiplex. « Si pour le moment les bénéfices réels sont encore difficilement quantifiables, il reste que l’analyse syndromique ne couvre pas non plus tous les pathogènes possibles », estime le Docteur Jacquier. Il faut également que le biologiste soit familiarisé avec ce type de tests pour l’interprétation et que le clinicien dispose de thérapies pour faire face à un diagnostic (intérêt de la détection si l’on dispose d’une prise en charge pour le patient).

Un coût médico-économique encore inconnu

Ainsi, aussi séduisante et prometteuse que semble être l’approche syndromique, elle n’est pas la réponse à toutes les questions que se pose le clinicien face à une symptomatologie : le coût médico-économique reste à évaluer, tous les agents pathogènes ne sont pas forcément présents dans les tests et il faut tenir compte du contexte de la demande (urgence ou pas) pour s’assurer de la pertinence de réalisation d’une approche syndromique. De plus, selon le Docteur Jacquier, les tests d’approche syndromique nécessitent une démarche active d’interprétation (gestion des faux positifs, limites de sensibilité) que tout biologiste se doit d’acquérir. Enfin, au niveau de l’organisation du laboratoire, l’intégration de cette approche nécessite une réorganisation, car chaque test requiert un automate de lecture spécifique (propre à chaque kit) qu’il convient de pouvoir installer au sein du laboratoire. Cette particularité (automate spécifique) pose aussi la question de l’intérêt de l’approche syndromique en biologie délocalisée notamment en médecine d’urgence où elle peut être d’un apport indéniable pour la prise en charge précoce de certains patients. Dans ce dernier cas, la maniabilité de la technique (facilité d’utilisation, risque de contamination) et l’interprétation des résultats (couverture du panel, sensibilité et spécificité) limitent encore ce type d’implantation.

Merci au Dr Hervé Jacquier, maitre de conférence à l’Université de Paris et praticien hospitalier dans le service de bactériologie-virologie de l’hôpital Lariboisière (AP-HP).

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Établi en août 2022